Hide menu

Kurslitteratur

Kurslitteraturen består av vetenskapliga artiklar, föreläsningsanteckningar och labmaterial.

Föreläsningsanteckningar

Föreläsningsanteckningar för vissa av föreläsningarna går att ladda ned under "Föreläsningar". I övriga fall delas materialet ut under föreläsningen.

Labmaterial

Labmaterial delas ut i samband med laborationen.

Vetenskapliga artiklar

1. Wells, J. A., & Lowman, H. B. (1992). Rapid evolution of peptide and protein binding properties in vitro. Current Opinion in Structural Biology, 2(4), 597-604. Delas ut vid föreläsning.

Innehåll: En bakgrund till phage display.

2. Lipovsek, D., & Plückthun, A. (2004). In-vitro protein evolution by ribosome display and mRNA display. Journal of immunological methods, 290(1), 51-67. Länk

Innehåll: Beskriver hur metoderna ribosome display och mRNA display fungerar och hur de kan användas för directed evolution in vitro. Artiklen ger också exempel på hur ett "scaffold" protein kan användas som ett alternativ till antikroppar för att hitta bindare.

3. Romero, P. A., & Arnold, F. H. (2009). Exploring protein fitness landscapes by directed evolution. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 10(12), 866-876. Länk

Innehåll: Visar hur riktad molekylär evolution kan beskrivas i termer av "fitness landscapes". Artikeln diskuterar principer och strategier för directed evolution och introducerar en mängd begrepp. Det finns också intressanta exempel på hur experimentella resultat kan relateras till de teoretiska begreppen.

4. Neylon, C. (2004). Chemical and biochemical strategies for the randomization of protein encoding DNA sequences: library construction methods for directed evolution. Nucleic acids research, 32(4), 1448-1459. Länk

Innehåll: Artikeln beskriver en mängd metoder för att konstruera bibliotek av gener med slumpmässig variation.

5. Fernandez-Gacio, A., Uguen, M., & Fastrez, J. (2003). Phage display as a tool for the directed evolution of enzymes. Trends in biotechnology, 21(9), 408-414. Länk

Innehåll: Diskuterar och ger exempel på hur phage display kan utnyttjas för att selektera för enzymatisk aktivitet.

6. Fox, R. J., & Huisman, G. W. (2008). Enzyme optimization: moving from blind evolution to statistical exploration of sequence–function space. Trends in biotechnology, 26(3), 132-138. Länk

7. (s. 20-22 av) Plückthun, A. (2012). Ribosome display: a perspective. In Ribosome Display and Related Technologies (pp. 3-28). Springer New York. Delas ut vid föreläsning.

Innehåll: Förklarar hur selektion för långsam dissociationskinetik (och därmed hög affinitet) kan uppnås via så kallad "off-rate selection".

8. Exempel ur: Friedman, M., Orlova, A., Johansson, E., Eriksson, T. L., Höidén-Guthenberg, I., Tolmachev, V., ... & Ståhl, S. (2008). Directed evolution to low nanomolar affinity of a tumor-targeting epidermal growth factor receptor-binding affibody molecule. Journal of molecular biology, 376(5), 1388-1402. Länk

Innehåll: Exempel på en forskningsstudie som använder directed evolution för att utveckla proteiner med hög affinitet och specificitet mot en specifik receptor. Studien använder många av de tekniker och principer som presenteras under kursen, t.ex. utnyttjas ett scaffold-protein av typen affibody, selektionen sker med phage display, off-rate selection och ökande stringens, och biblioteket framställs med degenererade oligonukleotider.

9. Delar av och exempel ur: Mastrobattista, E., Taly, V., Chanudet, E., Treacy, P., Kelly, B. T., & Griffiths, A. D. (2005). High-throughput screening of enzyme libraries: in vitro evolution of a β-galactosidase by fluorescence-activated sorting of double emulsions. Chemistry & biology, 12(12), 1291-1300. Länk

Innehåll: Artikeln beskriver en teknik för in vitro evolution av enzymatisk aktivitet genom att använda in vitro compartmentalisation, in vitro translation, samt fluorescense activated cell sorting.

OBS! Ytterligare några artiklar tillkommer.


Responsible for this page: Gunnar Höst
Last updated: 11/29/13