Examensarbeten i bioinformatik
Kontaktperson: Bengt Persson, e-adress bpn@ifm.liu.se
Förkunskaper: För samtliga examensarbeten är programmeringserfarenhet
värdefullt, helst i C, Java, perl eller python värdefullt. Vidare
är utbildning inom biologi/kemi/biomedicin önskvärt.
Sekvensmönster
Tack vare den stora mängden sekvensdata nu tillgängliga, kan storskaliga studier av sekvensmönster göras. Vi har funnit en mängd peptidmönster som är över- respektive underrepresenterade. Detta har sannolikt funktionella och strukturella orsaker, vilka nu behöver undersökas närmare. Examensarbetet går ut på att studera sekvensmönstren med avseende på strukturella och funktionella egenskaper. I arbetet ingår utveckling av scripts för storskalig analys av sekvensdata, litteraturstudier samt strukturella beräkningar.
Analys av data från storskaliga sekvensstudier
Moderna sekvensbestämningsmetoder alstrar stora mängder data på kort tid. Exempelvis kan en enda dags sekvenskörning ge över 300 000 DNA-sekvenser, och kapaciteten för dessa system ökar hela tiden. Det finns därför ett stort behov av att utveckla metoder för snabb bioinformatisk analys av sekvensdata. Metoderna behöver till stor del skräddarsys för den aktuella frågeställningen. Examensarbetet går ut på att utveckla verktyg för denna analys.
Molekylmodellering
Inom detta examensarbete kommer tredimensionella molekylmodeller att beräknas
för samtliga medlemmar inom ett antal representativa proteinfamiljer.
Modelleringen görs i programmet ICM
med använding av besläktade, kända tredimensionella strukturer.
Modellerna skall därefter utvärderas, dels med utgångspunkt
från experimentellt kända egenskaper, dels med utgångspunkt
från hur kända substrat passar i de modellerade strukturerna.
För kända proteinfamiljer kan samtliga medlemmar modelleras och
jämföras för att utröna nya samband mellan struktur
och funktion. Examensarbetet avser ge en god inblick i ett flertal bioinformatiska
metoder med tonvikt på molekylmodellering samt tolkning av dessa
resultat men även innefattande sekvensjämförelser.
Bioinformatikmetoder i proteomik
Examensarbetet omfattar utveckling av nya bioinformatiska metoder jämte
anpassing av existerande för användning vid analyser av stora
mängder proteindata, erhållna t.ex. från masspektrometri.
I första fasen kommer tyngdpunkten att ligga på utveckling av
olika verktyg för proteinjämförelser. Examensarbetet omfattar
både metodutveckling och framställning av användarvänliga
gränssnitt. Utvecklingsarbetet kommer att ske i samarbete med proteinexperimentella
forskningsgrupper.
Examensarbetet avser ge en god inblick i ett flertal bioinformatiska
metoder och även aktuella metoder för storskalig proteinanalys.
Användarvänliga gränssnitt för bioinformatiska metoder
Inom ramen för examensarbetet skall användarvänliga webbaserade
gränssnitt utvecklas för olika bioinformatiska metoder, t.ex.
sekvensjämförelser, konstruktion av flersekvensfigurer samt lokalt
utvecklade metoder. Gränssnitten skall i största möjliga
mån göras plattformsoberoende. Examensarbeter kommer att ge
en god insikt i aktuella bioinformatiska metoder och frågeställningar.
För ytterligare uppgifter och egna förslag på examensarbeten,
vänligen kontakta Bengt Persson.